セッションの削除は手動管理時と自動管理時で方法が異なるので注意してください。手動管理時はCKApplication#clear_sessionを、自動管理時はCKSession#clearを実行します。
CKSession#clearはセッション削除用のフラグを立てます。実行するとセッションデータは空になりますが、セッション自体は削除されません。自動管理によってセッションが保存されるときに完全に削除されます。